Любовь, с учетом указанных Вами сумм и при условии, что обе квартиры оформлены на одного и того же человека:
1. Налог на продажу возникает с разницы между суммой продажи и суммой, за которую Вы покупали эту квартиру. Т.е. 13% с 1 100 000, что равно 143 000р.
2. При покупке за 5 600 000р., если ранее Вы не использовали вычет на покупку, Вам полагается вычет 13% с 2-х миллионов, т.е. 260 000р. Сумму вычета и долг по налогу можно зачесть и платить из своего кармана ничего не надо будет. Остаток 117 000 плюс 13% от суммы реально уплаченных процентов по кредиту сможете получить в дальнейшем только в том случае, если будете официально работать и(или) иметь другой доход, облагаемый по ставке 13%. Здесь важно правильно составить декларацию о доходах, поэтому лучше обратиться к специалисту, желательно, чтобы это был не налоговый консультант, а бухгалтер, лучше - бухгалтер-аудитор.
3. Но... тот же самый вычет полагается Вам и за покупку первой квартиры, которая продается. И если Вас не интересует получения вычета за уплаченные %% по кредиту, то удобнее будет оформить вычет именно на уже состоявшуюся покупку той квартиры, которую сейчас продаете. У налоговой возникнет перед Вами долг 260 000р. и из него Вы погасите путем зачета свой долг по налогу за продажу этой же квартиры. Особенно актуален этот способ будет в том случае, если новая квартира оформляется не на того же самого, на кого была куплена старая.

Спасибо! Можно мне тогда еще вместе с реальными суммами. Выходит так: Купили мы квартиру в Железнодорожном в 2013 году за 2 600 000, сейчас выставляем на продажу за 3 700 000. Покупать квартиру собираемся в пределах 5 300 000. Ипотеку будем брать 1 000 000 - 1 500 000.